Esto es algo que estoy utilizando a diario y cuando lo he querido aprender a hacer no había encontrado muchas funciones o temas sobre esto en internet por lo que tuve que hacer una investigación más extensa en lo que he dado con el programa Org chart, donde acepta importar archivos de texto claro que en un cierto formato para que pueda ser entendido por el programa, entonces si quieren crear un organigrama con php deben generar un archivo de texto con la estructura correcta y luego verlo mediante dicho programa es tan simple como eso!
Estructura de prueba:
Nivel 1
Subnivel
Sub-subnivel
Subnivel 2
Como pueden ver el archivo de texto se debe generar con tabulaciones para que el programa pueda entenderlos y cada tabulación será el nivel de la jerarquía!